ニホンウナギが激減している原因はいくつか考えられます。2014年には国際自然保護連合（IUCN）のレッドリストで「絶滅危惧IB類（EN）」に指定されており、近い将来に野生での絶滅の危険性が高いとされています。

激減の主な原因

乱獲

ニホンウナギは、ほとんどの場合、成魚になる前の稚魚（シラスウナギ）の段階で捕獲されます。養殖も天然のシラスウナギを捕獲して育てる方法が主流であり、養殖ウナギも天然資源に大きく依存しています。産卵を終える前の個体を獲りすぎると、当然ながら個体数は減少してしまいます。

環境破壊

ウナギは産卵のために海へ出ますが、生活の拠点は川です。川の流れが遅く、石や岩の隙間を好むのですが、近年では洪水対策などのために河川が直線的に改修されたり、三面コンクリート張りの河川開発が進んだりして、ウナギにとって住み心地のいい生息環境が減っています。ダムの増加も、ウナギの減少と密接な関係があると指摘されています。

海流の変化

ニホンウナギは太平洋のマリアナ諸島付近で生まれ、海流に乗って日本の川にたどり着きます。しかし、近年ではエルニーニョ現象などの気象変動により海流が変化し、日本にたどり着かずに死んでしまうシラスウナギが増えていると考えられています。産卵場所が通常よりも南にずれることで、適切な海流に乗れずに死滅回遊してしまうとも考えられています。

これらの問題に対処するため、漁獲量の抑制やウナギの完全養殖技術の開発が進められています。